《重神机潘多拉》故事以2031年的未来为背景,描述环境因某起事故而发生剧变,由此诞生的超级生物给人们带来了灾难,被流放的天才科学家主人公为了对抗这类生物而开展独自研究。舞台则是以中国重庆为原型。2031年,由于作为次世代能量装置而开发的量子反应堆的暴走事故,世界剧变。突然从地下蔓延的闪光,吞噬都市楼群、覆盖大地,最终,超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物B.R.A.I出现了。 7年后,翔龙重生为绝对防卫都市新翔龙。它以惊人的速度完成进化,并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。 被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是,赌上人类存亡而战的特殊部队潘多拉诞生了。 契约之时,希望被托付给了他们......